หลังจากสงครามเมื่อสองปีก่อน คิระได้มาใช้ชีวิตอย่างสันติร่วมกับลักส์ ไคลน์ที่ออร์บ เขากลายเป็นคนที่แทบจะไม่พูดอะไรเลย (โดยช่วงแรกนั้นไม่ถึง 10 คำต่อตอน) จนเมื่อซากยูเนียส เซเว่นเริ่มร่วงสู่โลกนั้น ทำให้สันติภาพของเขาเริ่มมีรอยร้าวอีกครั้ง อัสรันนั้นปรึกษาเขาเรื่องที่เกิดขึ้น ซึ่งคิระก็ยังคงไม่มีคำตอบให้อัสรัน สำหรับคำถามจากเมื่อ 2 ปีก่อนว่า "เราสู้เพื่ออะไร" และพบกับ ชิน ที่อนุสรณ์ของสงครามที่ออร์บ (ซึ่งตอนนั้นทั้งสองยังไม่รู้จักอีกฝ่ายว่าเป็นใคร) ชินนั้นถามว่า เขาเคยมาที่นี่หรือ คิระนั้นบอกว่า เขามาที่นี่ครั้งแรก ทั้งที่ดอกไม้บานสวยงามแท้ๆ แต่ตอนนี้กลับโดนทำลายหมดแล้ว ชินก็ต่อด้วยประโยคว่า "แม้ว่าดอกไม้จะสวยเพียงไร มันก็โดนทำลายทิ้งอยู่ดี" ก่อนที่จะขอโทษที่พูดจาแปลกๆและเดินจากไป

ปีกที่ฟื้นคืนชีพ

หลังจากนั้นไม่นานลักส์ก็ถูกปองชีวิต และมีกองกำลังโจมตีบ้านที่พวกเขาอาศัย ทำให้เขาจำเป็นต้องขึ้นขับ Freedom อีกครั้งเพื่อปกป้องบุคคลที่เขารัก โดยเขาบอกว่า "เขาไม่เป็นไรแล้ว และ มันจะทำให้เขาเศร้ามากกว่า หากต้องสูญเสียเธอไป"

ในตอนที่ 14 นั้น คิระได้ลักพาตัว คางาริ จากงานแต่งงานทางการเมืองที่เธอไม่เต็มใจ ก่อนจะขอโทษที่ไม่ค่อยช่วยเหลือเธอและชักชวนคางาริให้ร่วมหาคำตอบของปัญหาที่เกิดขึ้นด้วยกัน

ดาบจากฟากฟ้า

หลังจากนั้นมาคิระและเพื่อนๆของเขาก็มักจะปรากฏตัวออกมาขัดขวางสงครามอยู่บ่อยครั้ง เช่นในการปรากฏตัวอย่างชัดเจนครั้งแรกคือ ตอนที่ 23 ที่เขาลงมายิงห้ามปืนของยานมิเนอร์ว่าไม่ให้ยิงกองกำลังของออร์บ หลังจากที่คางาริพยายามห้ามกองทัพออร์บแต่ไม่สำเร็จ แม้กระทั่งเธอร้องไห้ออกมา คิระก็ปลอบเธอว่า "มันไม่มีประโยชน์แล้วที่เธอจะพยายามต่อไป แต่เขาจะพยายามห้ามเท่าที่ทำได้" ก่อนจะจัดการปลดอาวุธหุ่นโมบิลซูททุกเครื่องโดยไม่มีการสังหารนักบินที่ขับนั้นแม้แต่คนเดียว (ใช้วิธีการทำลายส่วนสำคัญของหุ่นเช่น แขน ขา หรือ กล้องต่างๆ)

มุมมองที่แตกต่าง

อัสรันที่ไม่เข้าใจในพวกคิระนั้นได้นัดพบเขาข้างนอกผ่านทางมิลิอาเรีย อดีตสมาชิกของยานอาร์คแองเจิ้ลที่ตอนนี้มีหน้าที่เป็นช่างภาพอิสระ ซึ่งคิระก็ได้ออกไปพบพร้อมกับพาคางาริไปด้วย แต่ดูเหมือนว่า ทั้งสองคนจะไม่สามารถสื่อความคิดของตัวเองถึงอีกฝ่ายได้ อัสรันนั้นคิดว่า กิลเบิร์ต ดูแรนดัลนั้นเป็นคนที่น่าเชื่อถือ และพยายามหาทางที่ยุติสงครามที่ไร้สาระนี้อยู่ ในขณะที่คิระนั้น สงสัยว่า กิลเบิร์ต ดูแรนดัลนั้นคิดอย่างที่อัสรันว่าจริงหรือไม่ แล้วทำไมถึงต้องมีตัวแทนของ ลักส์ ไคลน์ ขึ้นมาในขณะที่ตัวจริงโดนจ้องสังหาร เขาบอกอัสรันว่า หากเขาไม่สามารถหาคำตอบให้เรื่องนี้ เขาก็จะไม่เชื่อใจแพลนท์เด็ดขาด

คิระบอกอัสรันว่า เขาไม่อยากฆ่าใครอีก แต่อัสรันนั้นกลับตะคอกใส่คิระว่า ตอนนี้มือคิระก็เปื้อนเลือดมามากแล้วเหมือนกัน ทำให้คิระทำหน้าเหมือนจะร้องไห้นิดๆ ก่อนจะบอกอัสรันว่า เขาไม่อยากสู้ เพราะฉะนั้นอย่าบังคับให้เขาทำ ก่อนจะแยกจากกันและกลับที่ซ่อนของตนเอง

ลักส์กลับอวกาศ

หลังจากที่กลับไปนั้น เขาก็เริ่มสงสัยว่า ตกลงสิ่งที่เขาเชื่อนั้นถูกแน่หรือไม่ หรือว่า บางที่กิลเบิร์ต ดูแรนดัล อาจจะเป็นอย่างที่อัสรันพูดก็เป็นได้ ทำให้ลักส์ตัดสินใจที่จะไปแพลนท์เพื่อดูด้วยตาตนเอง โดยคิระนั้นพยายามห้ามเต็มที่ แต่เธอก็ใช้คำที่คิระบอกเธอ ก่อนขึ้นขับ กันดั้ม อีกครั้งว่า "ไม่เป็นไร นี่คือเวลาของเธอแล้ว ให้เธอไปเถอะนะ" ทำให้คิระหมดข้อโต้แย้ง ซึ่งคิระนั้นก็ยังพยายามที่จะตามเธอไปด้วย แต่เขานั้นมีหน้าที่ต้องปกป้องอาร์คแองเจิ้ลอยู่ตอนนี้ ทำให้ความคิดนั้นมันเป็นไปไม่ได้

คิระ และ อัสรัน

เมื่อเขาออกไปห้ามทัพอีกครั้ง อัสรันก็รีบเข้ามาขวางคิระทันที หลังจากที่คิระเริ่มฟันชิน ก่อนจะสู้กันทั้งสองคน อัสรันนั้นพยายามเกลี้ยกล่อมให้คิระกลับไปที่ออร์บ ในขณะที่คิระนั้นก็บอกว่า เขาเข้าใจในสิ่งที่อัสรันพูด แต่เพราะว่าคางารินั้นกำลังร้องไห้ เพราะไม่อยากให้เรื่องแบบนี้เกิดขึ้น และถามอัสรันว่า เขาทำได้หรือที่จะสู้ โดยอ้างว่าทั้งหมดเป็นเพราะความผิดของคางาริ ก่อนจะบอกอัสรันว่า "หากเป็นแบบนั้น เขาก็จะกำจัดอัสรันเสีย" ก่อนจะระเบิดซี้ด แล้วด้วยสมรรถภาพที่เหนือกว่าของฟรีด้อม แถมอัสรันก็กำลังอึ้งนิดๆ เขาจึงจัดการฟันเซเวียร์ของอีกฝ่ายจนแหลก ไม่สามารถซ่อมแซมได้อีก ในขณะที่ตัวนักบินนั้นปลอดภัยดี

ปีกที่หัก และ ปีกที่ฟื้นคืน

เมื่อครั้งสู้รบกับ เดสทรอย ที่ เบอร์ลิน เขาก็ได้โชว์ความสามารถของเขาออกมาอย่างเต็มที่ โดยมี อิมพลัส มาร่วมแจมภายหลัง แต่เมื่อชินรู้ว่าในหุ่นนั้นใครเป็นคนขับ ทำให้เขาพยายามใช้วาจาห้ามเธอแทน แต่เพราะสเตล่าหันไปเห็นฟรีด้อมและเกิดกลัวขึ้นมาแล้วเริ่มจะยิงปืนใส่ ทำให้คิระตัดสินใจที่จำทำลายหุ่นนั้นทิ้งโดยแทงไปที่ปืนที่หน้าอก และเพราะหุ่นโดยฟันอย่างยับเยินโดยชินก่อนหน้านั้นแล้ว ทำให้สเตล่าแม้จะรอดออกมาได้ แต่ก็เสียชีวิตภายหลัง ทำให้ชินหาทางล้างแค้นเขา จนในที่สุดก็ทำลายฟรีด้อมลงได้โดยใช้ความสามารพิเศษในการเปลี่ยนส่วนต่างๆของอิมพลัส และ จุดออ่นที่เรียนรู้จากเรย์ว่า คิระจะไม่ฟันส่วนที่สำคัญที่เกิดอันตรายต่อนักบินเป็นอันขาด

คิระนั้นได้รับหุ่นกันดั้มตัวใหม่ Strike Freedom ตอนที่ขึ้นอวกาศไปเพื่อช่วยเหลือลักส์ ไคลน์จากกองยานของซาฟท์ และกลับลงมาพร้อมหุ่นใหม่ของอัสรัน และร่วมมือกันต่อสู้อีกครั้ง

สงครามสุดท้าย

จนกระทั่งสงครามสุดท้าย คิระนั้นได้รบกับ เรย์ ที่ต่อมารู้ว่า เขาก็เหมือนกับคลูเซ่คือ เป็นโคลนของราอู เลอ ครู เซ่ และอยากกำจัดเขา แต่ก็โดนคิระทำลายหุ่นทิ้ง พร้อมประโยคว่า "แต่ว่าไม่ใช่นะ ชีวิตน่ะมันมีแค่หนึ่งเดียวนะ เพราะงั้นชีวิตนั่นเป็นของนายไม่ใช่ของเขา" และใช้เมทีเออร์ทำลายปราการรบ เมไซอา ของซาฟท์จากภายนอก โดยความร่วมมือของเอเทอนอล โดยมีการตัดฉากไปบางส่วนที่กิลเบิร์ตทำให้เรารู้ว่า เขาคิดว่า ทั้งลักส์และคิระนั้นต่างก็เป็นการคงอยู่ที่มีแต่จะทำให้เกิดปัญหา

หลังจากนั้นเขาก็เข้าไปในเมไซอา โดยมีอัสรันตามไปทีหลัง และเถียงกับกิลเบิร์ตที่บอกว่า ทำแบบนี้ก็จะเกิดสงครามขึ้นมาอีกครั้ง หรือว่า เรื่องที่เขาเป็นสุดยอดโคออร์ดิเนเตอร์ แต่คิระบอกว่า เขาก็เป็นคนธรรมดาเท่านั้น แถมยังตอบว่า หากเกิดเรื่องแบบนี้อีกครั้ง เขาก็เตรียมใจไว้แล้วและพร้อมที่จะสู้กับมัน ก่อนที่กิลเบิร์ตจะโดนเรย์ยิง เรย์นั้นขอโทษเขาและบอกว่า เขาก็มีวันพรุ่งนี้ ก่อนที่อัสรันและคิระจะกลับไปที่กันดั้ม ก่อนที่เมไซอาจะทลายลง โดยมีเรย์ กิลเบิร์ต และ ทาเรียอยู่ภายในนั้น 3 คน

"มาสู้ด้วยกันเถอะ"

หลังจากนั้นเขาก็กลับมาไหว้หลุมศพที่ออร์บพร้อมลักส์ โดยที่อัสรัน เมย์ริน ชิน และ ลูน่ามาเรียได้มาก่อนแล้ว หลังจากที่โดนชินจ้องมอง เขาจึงหันกลับไปหา ก่อนที่อัสรันจะแนะนำเขาให้อีกฝ่ายว่า "นี่คือ คิระ คิระ ยามาโตะ นักบินของฟรีด้อม" ทำให้ชินเกิดกลัวขึ้นมาเมื่อนึกถึงตอนที่ทำลายกันดั้มอีกฝ่ายทิ้งเนื่องจากคิดว่าคิระจะโกรธตนเอง แต่คิระกลับยื่นมือออกไป ซึ่งชินก็จับแต่โดยดี และพูดต่อประโยคที่ชินเหลือไว้นานมาแล้วว่า "ถึงแม้ว่า ดอกไม้จะโดนทำลายไป แต่เขาก็จะปลูกมันขึ้นมาใหม่อีกครั้ง" และบอกชินต่อไปอีกว่า "มาสู้ด้วยกันเถอะ" ซึ่งนั่นทำให้ชินน้ำตาไหลและตอบตกลงที่จะสู้ไปพร้อมพวกคิระ ก่อนที่จะแยกกันไปตามทางของตนเอง โดยคิระนั้นแยกไปทางเดียวกับลักส์อัสรันไปกับเมรินที่เป็นตัวแทนของคางาริและชินก็เดินไปกับรูน่า